Am 19. Mai 1547 wird die Wittenberger Kapitulation unterzeichnet. Sie beendet den Krieg zwischen dem protestantischen Schmalkaldischen Bund und Kaiser Karl V. Letzterer war aus der Entscheidungsschlacht auf der Lochauer Heide bei Mühlberg (24. April) siegreich hervorgegangen. Die sächsische Kurwürde geht in der Folge von den Ernestinern auf die albertinische Linie der Wettiner über. Auch Wittenberg fällt an die Albertiner. Damit ist die Zukunft der LEUCOREA ungewiss, eine Neugründung in Jena ist geplant. Schließlich gelingt es auch unter der albertinischen Herrschaft, den Universitätsbetrieb in Wittenberg wieder aufzunehmen. Melanchthon entscheidet sich zu bleiben.