Am 20. Oktober 1806 ziehen französische Truppen in Wittenberg ein. Zwei Tage später trifft Napoleon (1769–1821) selbst in der Elbstadt ein und übernachtet im Gasthof „Zur goldenen Weintraube“. Kursachsen ist mittlerweile Verbündeter Napoleons und hat die französischen Militäroperationen gegen Preußen, Österreich und Russland zu unterstützen. Dies zieht gravierende Konsequenzen für die Universität nach sich. Zwar erhält sie vom französischen Divisionsgeneral einen Schutzbrief für Kunst und Wissenschaft, in dem auch die Befreiung der Professoren von Einquartierungspflichten enthalten sind. Doch dieser wird in der Folge weitgehend missachtet. Die französischen Soldaten und Offiziere beziehen in Universitätsgebäuden und Professorenwohnungen Quartier.