Die Universität richtet am 6. Dezember 1640 ein Schreiben an den sächsischen Kurfürsten Johann Georg I. (1585–1656) mit der dringenden Bitte, Maßnahmen zu ergreifen, die Besoldungsrückstände der Professoren zu begleichen und ihre künftige Besoldung zu sichern. Die Folgen des Dreißigjährigen Krieges und mehrere Pestausbrüche haben in dieser Zeit gravierende Folgen für die LEUCOREA. Studenten ziehen aus der Stadt fort, und angesichts der fehlenden Absicherung der Professorenbesoldung droht der Universität eine Auszehrung ihres Lehrkörpers.