1949 begann eine von der Kirchenprovinz Sachsen unterhaltene Ausbildungsstätte ihre Arbeit in den Räumlichkeiten des Predigerseminars, der Katecheten für Oberschulen auszubilden aufgetragen war: „Die Notwendigkeit war entstanden, weil die Oberschüler in der Sowjetischen Besatzungszone sich mit dem materialistischen Welt- und Menschenbild auseinandersetzen mußten, das in den Schulen zu dominieren begann“ (Martin Onnasch). Für dieses Katechetische Oberseminar blieb Wittenberg allerdings nur Geburtshelfer. Lediglich ein Semester residierte es in der Stadt. Im April 1950 wurde das Seminar nach Naumburg verlegt, wo sich in der Folgezeit das Seminar unter Beibehaltung seines Namens zu einer Pfarrerausbildungsstätte ent­wickel­te, die bis 1993 existierte.